コズミック・イラ70年。 世界が通常の人類『ナチュラル』と遺伝子操作された人類『コーディネイター』に大きく二分された時代。 『血のバレンタイン』の悲劇により両者間の緊張は爆発し一気に本格的武力衝突へと発展していった。 誰もが疑わなかった数で勝る連合軍の勝利。 しかし……その予想は大きく裏切られ戦局は拮抗したまま11ヶ月余りが過ぎた。 ラグランジュ5に浮かぶ資源衛星ヘリオポリス。 そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトはコロニーに侵入したザフト軍による連合軍の新型モビルスーツ奪取作戦に遭遇する。 そして、その作戦に参加するザフト兵の中にはかつての親友アスラン・ザラの姿があった……。